自然界では哺乳動物の腸管のみに生息しています。
赤痢菌は主に人の赤痢と疫痢の原因菌であり、患者・保菌者によって伝播されます。

爬虫類・哺乳類・人に感染し、軽い胃腸炎から、速やかに致命的な敗血症に至る場合もあり、さまざまな臨床症状を引き起こします。

大腸菌は、家畜や人の腸内にも存在します。
ほとんどのものは無害ですが、このうちいくつかのものは、人に下痢などの消化器症状や合併症を起こすことがあり、病原大腸菌と呼ばれています。
病原大腸菌の中には、毒素(ベロ毒素)を産生し、出血を伴う腸炎や溶血性尿毒症症候群(HUS)を引き起こす腸管出血性大腸菌と呼ばれるものがあります。
腸管出血性大腸菌は、菌の成分によりさらにいくつかに分類されています。
代表的なものは「腸管出血性大腸菌O157」で、そのほかに「O26」や「O111」などが知られています。

エルシニア、エンテロコリチカ、クレブシエラ、コレラ菌、腸炎ビブリオ等